Факультет был создан 1 сентября 2011 года объединением кафедр, обеспечивающих базовую физико-математическую и химическую подготовку студентов первого и второго курсов практически по всем направлениям и специальностям СФ БашГУ.

На факультете ведется подготовка:
• бакалавров по прикладной математике и информатике (кафедра математики и информатики);
• бакалавров по бизнес-информатике (кафедра математики и информатики);
• специалистов по прикладной математике и информатике (кафедра математики и информатики);
• бакалавров по химии (кафедра химии);
• бакалавров по химической технологии (кафедра химии).

В процессе учебы решаются следующие основные задачи:
• изменение психологии учащихся и их адаптация к особенностям и уровню требований вуза;
• оценка возможностей учебы студента в высшей школе; повышение мотивации учебной деятельности студентов;
• реализация фундаментального, базового образования.

Среди основных методических проблем факультета:
• специфика преподавания фундаментальных и общих дисциплин в высшей школе;
• индивидуализация обучения студентов;
• усиление творческого начала их учебно-научной деятельности;
• а также обеспечение преемственности учебного процесса, с одной стороны — со средней школой, а с другой — с общими и специальными кафедрами на старших курсах.

На факультете обучается более 300 студентов — будущих специалистов по применению информационных систем и технологий в различных областях производства науки и образования (информатике, математике, физике, экологии, химии).

В планах естественнонаучного факультета – активно внедрять новые образовательные технологии, современные методы и формы обучения, опирающиеся на тесную интеграцию образования и науки. Деятельность факультета должна держаться в русле самых современных научных направлений, оптимально сочетая учёбу и науку. На ЕНФ должны быть созданы условия для формирования такой личности, которая осознает свою ответственность за завтрашний день страны, обладает знаниями и компетенциями, необходимыми для активного участия в его созидании.
Факультет должен сочетать традиции и опыт, накопленный кафедрами за время существования университета, с новыми принципами и технологиями образовательного процесса в области естественнонаучного направления.

Исполняющий обязанности декана естественнонаучного факультета — кандидат физико-математических наук, доцент кафедры математики и информатики Давлетшин Руслан Салихьянович.